Bukkit论坛上有关于Eclipse下调试的
http://bukkit.org/threads/debugging-plugins-in-eclipse.4043/
http://bukkit.org/threads/tutorial-remote-debugging-with-bukkit.92081/
但是他们一个是外部调试，一个需要变化eclipse目录结构，git还需要增加一坨ignore。于是简单研究了一下就搞定了bukkit的调试问题。
首先在run configurations里添加一个jar application
path to jar填写服务端文件的完整路径
VM options这里指定一下文件编码，我的idea不知为何如果不加这句会自己加一个GBK的编码，导致乱码。
working directory写到服务端文件所在的目录
最后设置一下下面的before launch，让他先编译出jar，再运行服务端
然后idea的设置就完成了。但是这里还不能让服务端调用到编译好的插件，所以就要用到vista以上系统的一个特性，文件链接了
不过我想不通的是linux下使用很广泛的文件链接，到Windows下却需要管理员权限来使用
使用管理员权限的cmd进入服务端的插件文件夹，然后使用命令
mklink 插件jar 编译后的插件jar完整路径
比如
mklink HeartLogin.jar "F:\Code\minecraft\heartLogin\out\artifacts\HeartLogin\HeartLogin.jar"
然后就可以使用idea的运行和调试命令正常的在插件内使用断点了。甚至可以断点到bukkit里